Nakon prvih slobodnih višestranačkih izbora održanih u svibnju 1990. godine, Gojko Šušak je 30. svibnja postao član prve hrvatske Vlade i imenovan ministrom iseljeništva. Dužnost obnaša oko godinu dana uglavnom putujući po iseljeničkim zajednicama sa zadatkom povezivanja s hrvatskom dijasporom i jačanjem diplomatskih i gospodarskih veza sa zemljama u kojima su hrvatski iseljenici živjeli u značajnom broju.
- ožujka 1991. godine biva imenovan zamjenikom ministra obrane. Dana 31. ožujka započeo je Domovinski rat. Kao član vlade, Gojko Šušak je pomogao u prikupljanju ekonomske pomoći od iseljenika za kupovinu oružja. Procjenjuje se da je u rujnu 1991. godine oko 5.000 vatrenog oružja koje su koristile hrvatske snage bilo kupljeno iseljeničkim novcem.
Hrvatska i Slovenija 25. lipnja 1991. godine proglasile su neovisnost od Jugoslavije. a 18. rujna Gojko Šušak je imenovan ministrom obrane. Izbor za ministra obrane prihvatio je mirno, kao jedan od mnogih mogućih oblika služenja domovini, o čemu je sanjao u iseljeništvu. U intervjuu koji je dao 3. travnja 1992. godine iskreno priznaje kako to mjesto nije očekivao: "Za to sam, tako mi Boga, i te kako kompetentan. Nisam čak nikad služio vojsku. Istina, mnogo sam o tome čitao, ali nikad nisam ni sanjao o ratu. Posljednje o čemu bih maštao je mjesto ministra obrane jedne države“. U vrijeme kada je Gojko Šušak imenovan ministrom obrane, Domovinski rat bio je u punom jeku. Ministarstvo obrane je za njegova mandata usvojilo široki plan modernizacije, reorganizacije i naoružavanja Oružanih snaga Republike Hrvatske (OSRH).
Početkom 1996. godine dijagnosticiran mu je rak pluća. Nakon neuspjelog liječenja u SAD-u, liječenje nastavlja u Hrvatskoj. Uslijed naglog pogoršanja i nekontroliranog širenja bolesti preminuo je 3. svibnja 1998. godine u Kliničkoj bolnici Dubrava u 53. godini života. Pokopan je 7. svibnja 1998. godine na zagrebačkom groblju Mirogoj u Aleji hrvatskih branitelja.
Gojko Šušak je 5. svibnja 1998. godine posmrtno promaknut u čin stožernog generala Hrvatske vojske.
